Церковь Николая чудотворца известна с конца XV столетия, в связи с упоминанием великокняжеского загородного двора «у церкви Николы Подкопаева, под конюшней». Существующее здание расположено на пересечении Подкопаевского и Подколокольного переулков. В 1629 храм уже был каменным. Здание исследовано в последнее годы в связи с разработкой проекта реставрации, но результаты исследований не опубликованы. По архивным данным известно, что около 1700 года церковь перестраивали. В 1750-е годы, после разрушений, причиненных зданию пожарами первой половины XVIII века, церковь ремонтировали, перестроив трапезную с двумя приделами. В 1759 году на средства прихожан была возведена колокольня с одноэтажной «кладовой палаткой» по линии Подкопаевского переулка.